Das Herzstück des WISA Systems bilden die einzelnen, mit WISA verbundenen, Fachdatenbanken bzw. -systeme. Ziel dieses Bereiches ist es, jedem Fachexperten bzw. jeder Fachexpertin den individuellen Zugang auf die Fachdatenbanken zu ermöglichen. In der linken Menüführung können diese ausgewählt werden.
 
Um in Zukunft die E-Governmentvorgaben des Bundes und ein einheitliches „WISA Design“ zu gewährleisten, ist vorgesehen, die bestehenden Fachdatenbanken schrittweise umzugestalten. Im Falle von neu zu erstellenden Fachdatenbanken werden die E-Governmentvorgaben des Bundes bereits umgesetzt.